Com o fim do apartheid e a revogação progressiva dos boicotes internacionais a partir de 1991, a South African Airways pôde retomar rotas mais diretas e eficientes, utilizando o espaço aéreo africano com maior liberdade. Ainda assim, o aeroporto da Ilha do Sal manteve-se como um ponto estratégico na rede da companhia durante os anos 1990 e início dos anos 2000. Durante esse período, Sal foi uma escala técnica essencial para voos de longa distância, especialmente para a rota inaugurada em 2003 para Atlanta, Estados Unidos.

Sal continuou a ser usado como ponto de reabastecimento para essa rota até 1º de julho de 2006, quando a SAA realizou seu último voo no aeroporto, encerrando oficialmente suas operações na ilha e concluindo um capítulo histórico que durou quase 40 anos.